In seguito al lascito testamentario di Cicco de Omobono, nel 1363, la chiesa fu ristrutturata in forme gotiche.
L’edificio presenta un impianto rettangolare ad unica navata, presbiterio più piccolo, voltato a crociera, con costoloni e copertura a capriate, illuminata dalle due finestre della facciata e dalle monofore della parete destra; le finestre della parete sinistra, prima comunicanti con l’annesso convento, furono murate in seguito alla soppressione dell'Ordine dei Minori conventuali. E’ tuttavia probabile che il primo impianto fu ampliato nel corso dello stesso secolo: uniche testimonianze di questa seconda fase medievale sono rintracciabili nella bifora ogivale con colonnina centrale e decorazioni lobate sulla parete posteriore, e nella diastasi sulla parete laterale destra, libera da costruzioni, destinata a perdersi con il restauro operato agli inizi del Settecento.
Il convento, annesso alla chiesa, originariamente assai più piccolo, tra il XV e il XVI secolo fu dotato di un chiostro di forma quadrata, con archi a tutto sesto.
Il terremoto del 1654 danneggiò il complesso, che venne ricostruito e ampliato tra il 1683 e il 1727; la chiesa fu così fornita dell’elegante campanile, coperta con volta a botte, mentre il chiostro fu chiuso, sopraelevato e dotato di un grande scalone.
All’interno della chiesa, in un ambiente situato dopo la cappella di S. Biagio, è visibile l’affresco della Madonna in trono, portato in luce durante i lavori di restauro del 1970, ma risalente al XV secolo. Sull’altare successivo è l’affresco della Madonna della Misericordia, probabilmente attribuibile a Lattanzio da Rimini.
Della fase settecentesca rimangono il portale del convento con il balcone, le facciate di entrambi gli edifici inquadrate da paraste giganti e all'interno della chiesa, alcune statue in gesso raffiguranti personaggi biblici: Mosé, Isaia, Davide, Daniele, Salomone, Aronne e Geremia. Nel 1883 furono realizzati, dagli artisti sorani Pietro e Domenico Biancale, gli affreschi della volta.
Successivamente, il convento ospitò il collegio Tuziano, istituito nel 1763; nel 1798 fu utilizzato come granaio dai soldati francesi e a deposito di armi del brigante Gaetano Mammone, per essere poi abbandonato a causa di un incendio, che lo danneggiò sensibilmente.
Nel 1808, in seguito alla soppressione degli ordini religiosi, la chiesa e parte del convento furono donate alla Confraternita dei Sacconi; la restante parte fu affittata ai Marsella, che la utilizzarono come scuderie e deposito di sale. Infine, nel 1813, l’’edificio fu assegnato al Comune di Sora che lo adibì dapprima a scuola e poi a sede della Sottoprefettura e del tribunale. Attualmente è sede del Museo della Media Valle del Liri, della Biblioteca comunale e dell’Archivio storico.